Dopo che il campione è stato fissato definitivamente sul foglio d'erbario, la pianta deve essere classificata, anche se sarebbe meglio effettuare questo lavoro sul materiale fresco, individuandone, nell'ordine, la famiglia di appartenenza, il genere e la specie. E' questa la fase più importante e più complessa per la difficoltà di distinguere esemplari appartenenti a specie talvolta molto simili nell'aspetto.

In genere si fa ricorso a testi specialistici sulla flora del territorio che, mediante un sistema di chiavi dicotomiche, consentono la determinazione degli esemplari, fornendone anche una dettagliata iconografia.

Per esaminare con più attenzione i campioni si può usare una lente di ingrandimento o, meglio, uno stereomicroscopio; per sollevare alcune parti della pianta o per staccarne dei piccoli frammenti da esaminare separatamente si possono usare aghi o pinzette molto sottili con punte dritte. Naturalmente il campione va maneggiato con molta cura per evitare di danneggiarlo, considerando che con l'essiccazione è diventato molto fragile.