Le collezioni custodite negli Erbari sono soggette ad attacchi da parte di numerosi parassiti.

Le muffe possono causare danno agli esemplari, ma solo in ambienti particolarmente umidi; contro gli attacchi delle muffe è necessario spennellare i campioni con alcool denaturato.

I maggiori responsabili delle infestazioni degli Erbari sono gli insetti; essi mostrano una certa selettività per quanto riguarda il tipo di pianta e le parti della pianta da attaccare.

Tra le famiglie più "appetite" ci sono per esempio le Composite, le Ombrellifere, le Crucifere, mentre sono poco attaccate le Graminacee e le Ciperacee.

Gli insetti prediligono i tessuti teneri dei fiori e delle giovani foglie, ma in alcuni casi attaccano anche i fusticini lignificati. Comunque non esiste pianta che possa essere considerata immune se le condizioni di conservazione non sono idonee.

E' opinione diffusa che gli insetti attaccano gli esemplari di recente raccolta (fra il primo ed il quinto anno si hanno i danni maggiori) più frequentemente di quelli vecchi.

Negli Erbari si riscontrano con una certa frequenza soprattutto coleotteri. L'insetto più temuto è un coleottero cosmopolita, appartenente al genere Lasioderma, che attacca molte sostanze e che produce vere devastazioni, riducendo le piante in polvere finissima.

Le condizioni climatiche dei locali in cui i campioni sono conservati rappresentano i principali fattori responsabili delle infestazioni. Infatti, gli ambienti caldo-umidi favoriscono lo sviluppo e la diffusione dei parassiti. Pertanto, la temperatura e l'umidità dei locali dovrebbero essere controllate per mantenere l'ambiente inospitale agli insetti; la temperatura dovrebbe essere minore di 21°C e l'umidità relativa dovrebbe essere compresa tra il 30 e il 40%.

Esistono numerosi sistemi per combattere i parassiti responsabili delle infestazioni degli Erbari. Si possono adoperare sistemi chimici e sistemi fisici.

Per quanto riguarda i primi le sostanze più comunemente usate sono la naftalina, la canfora, il paradiclorobenzene, il bicloruro mercurico, ma il loro impiego viene sconsigliato a causa degli effetti nocivi che potrebbero avere sull'uomo.

Per quanto riguarda i mezzi fisici si possono usare il calore, le microonde o il freddo.

L'uso del calore consiste nell'esporre i campioni per 4-5 ore ad una temperatura di circa 75°, oppure a temperature più basse per un tempo più lungo. Questo metodo, pur essendo innocuo e rapido, può essere utilizzato solo per piccole quantità di piante.

Le microonde mettono in movimento e pertanto riscaldano le molecole di liquidi che sono presenti negli insetti ma non nelle piante esiccate. Il forno a microonde è anch'esso efficace, veloce, economico ed innocuo, ma non si può adoperare per grandi quantità.

Il metodo migliore, e quindi più diffuso, è il freddo. La sterilizzazione viene effettuata per congelamento dei pacchi ad una temperatura di -25°C per 6-7 giorni. Questo metodo è abbastanza efficace e presenta notevoli vantaggi quali la semplicità delle operazioni e la totale innocuità per gli operatori.